🗓️ 2026-06-24 🗂️ DFT

COHP

前言

VASP文件的准备

LOBSTER要求ISYM=0或-1。其他参数没有特殊要求。

另外,如果对精度不高,或者不考虑成本,我看也有人直接用静态自洽的结果(这里直接设置比较高的K点密度)进行LOBSTER。

如果用的ISMEAR = 0,后续要在lobsterin文件中指出。

LOBSTER

LOBSTER程序完全被一个lobsterin文件控制。

COHPstartEnergy  -10
COHPendEnergy	  6
usebasisset pbeVaspFit2015
gaussianSmearingWidth 0.05 # 这里就是前面提到如果你INCAR里面ISMEAR=0或者1,这里就要设置gaussianSmearingWidth
basisfunctions Fe 3d 4s 4p
basisfunctions Ni 3d 4s 4p
cohpbetween atom 1 and atom 2
cohpGenerator from 2.483 to 2.485 type Ga type As

通常,用户只需要指定能量窗口(费米能级以下的是实际占据的态,所以建议正值小点儿,负值大点儿)、local basis以及计算方式。

LOBSTER是一个把计算的物理结果(电子密度)转化为化学结果(轨道电子填充)的软件。

指定方法也很简单,就是用类似的语句,basisfunctions Fe 3d 4s 4p

也可以指定特定两个原子间。

cohpbetween atom 1 and atom 2 orbitalWise cohpGenerator from 2.483 to 2.485 type Ga type As

orbitalWise关键字用于打开“沿轨道”。

比如这里的atom1是Bi,atom2是O。

打开沿轨道后,我们就可以计算Bi的s、p轨道电子与O的s、p轨道电子的cohp,进一步分析两者的成键由哪些电子主导。

如图,

虽然LOBSTER的orbitalWise会把p分解成px、py、pz,但后处理时可以加和起来。

这张图中,不同的颜色代表不同的轨道对儿的COHP,比如说绿色代表Bi_6p与O_2p的COHP。

LOBSTER默认尽可能多的使用核数,且不支持多节点并行。

Window版本,vscode中的gitbash终端下运行,终端不能关闭。

nohup.exe lobster-5.1.1-win64.exe > out.log 2>&1 &

从第三行开始,记录了计算的标记以及具体的值

第一列是能量,第二列、第三列分别是第一个标签对应的pCOHP,ICOHP,第四、第五列分别是第二个标签对应的pCOHP,ICOHP。

LOPOSTER

LobsterPy

一个用于后处理LOBSTER输出文件的python软件包。

LobsterPy自动键分析的核心算法依赖于LobserEnv。

不同于传统的Env,(如Voronoi,筛选近邻依靠角和距离的截断),LobserEnv只靠ICOHPs来确定原子的近邻。

备忘:目前我个人lobsterpy安装到了名叫ase的conda虚拟环境中,记得把它的脚本路径加入到环境变量中。

lobsterpy.exe plot 1 2可以画出前两个标签的energy vs pCOHP。也可以不要2。

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